โรงเรียนบ้านนาจานตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑ ตุลาคม ๒๔๖๖ โดยมีพระครูเสนา ราชภักดี นายอำเภอเชียงคานเป็นผู้ก่อตั้ง เปิดทำการสอนในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๔ ดำรงอยู่ด้วยเงิน“ศึกษาพลี” และเงินงบประมาณตามลำดับ ในปีพ.ศ. ๒๔๗๑โรงเรียนได้ยกฐานะเป็นโรงเรียนประชาบาล สังกัดกระทรวงศึกษาธิการ โดยมีพระภิกษุผองแพงขวา เป็นครูใหญ่คนแรก ในปีพ.ศ.๒๕๕๓โรงเรียนได้เปลี่ยนจากหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ.๒๕๔๔ไปใช้หลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ.๒๕๕๑ ปัจจุบันโรงเรียนได้รับคัดเลือกจากศูนย์พัฒนาสังคมหน่วยที่ ๕๓ จังหวัดเลยและเครือข่ายสถานศึกษาให้เข้าร่วมโครงการโรงเรียนเพียงหลวง๑๘ฯ เพื่อแก้ไขปัญหาด้านคุณภาพชีวิตของเด็ก ครอบครัวของเด็ก และชุมชนให้มีคุณภาพที่ดีขึ้น  ปัจจุบันมีนายเกียรติวรรธน์  ป้องปาน เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน และทำการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้น อนุบาล ๑ จนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖